ממלאי הפקודות הוא מסע מדהים שראשיתו בחיפוש אחר הפקודה הנעלמה של היטלר להשמדת היהודים במלחמת העולם השנייה, המשכו בבחינה מחודשת של פרשות מסעירות בתולדות היישוב ובמדינת ישראל שבכולם עלתה השאלה 'מי נתן את ההוראה?
' כגון בריחת הערבים במלחמת העצמאות, כפר קאסם, העסק הביש, טיבועה של פאטריה ורצח ברנדוט, וסופו בחשיפת דגם שממנו עולה כי רוב ההתרחשויות המכריעות בהיסטוריה אינן מתחוללות על פי הדפוס המקובל עלינו, שבו המנהיגות המדינית המחליטה ואנשי הביצוע ממלאים אחר הפקודות, וכי לתפקידים של 'ממלאי הפקודות' נודעה חשיבות רבה יותר ממה שהם מוכנים לייחס לעצמם.
זהו מסע אמיץ וכאוב הנוגע בעצבים הרגישים ביותר של התודעה היהודית והישראלית, אבל המסר אוניברסאלי-הוא מוקיע את חלקות התפקידים הכוזבת והמושחתת בין 'המנהיגים' לבין המון 'האזרחים הפשוטים', החפים מפשע כביכול.